W celu wyświetlenia okna konfiguracji aplikacji należy kliknąć ikonę w prawy górnym rogu, co spowoduje rozwinięcie menu kontekstowego, i wybrać pozycję Ustawienia.
Zostanie wyświetlone okno ustawień aplikacji, podzielone na trzy zakładki. W zakładce Ogólne użytkownik może zmienić język aplikacji, włączyć bądź wyłączyć ostrzeżenia, zezwolić na automatyczne uruchamianie i logowanie do programu, a także na zdalne zarządzanie.
Eksport konfiguracji umożliwia zapisanie wszystkich ustawień aplikacji do pliku, włącznie z utworzonymi projektami backupów.
Opcja Import konfiguracji umożliwia import ustawień zawartych we wcześnie wyeksportowanym pliku konfiguracyjny.
W zakładce Ogólne również można zadeklarować katalog aktówki, jeżeli wcześniej nie został on wskazany, bądź też zmienić jego lokalizację lub wyłączyć tę usługę, jeżeli aktówka została już wcześniej aktywowana.
Zakładka Sieć umożliwia ograniczenie prędkości wysyłania oraz pobierania danych przez aplikację Xopero, którą można ustawiać za pośrednictwem suwaków. Istnieje również możliwość wyboru liczby rdzeni użytych przy wysyłaniu danych, w zależności od tego czy zależy nam na wydajności komputera, czy szybkości backupu. Zaznaczenie opcji Wykonuj na niższym priorytecie spowoduje spowolnienie wykonywania backupu na rzecz pracy innych procesów.
Ostatnia z zakładek zawiera opcje Zaawansowane, które należy zmieniać w sposób świadomy, gdyż mają one wpływ na działanie aplikacji oraz konta użytkownika.
Użytkownik ma możliwość zmiany Limitu przechowywanych wersji pliku, czyli ilości wersji dla każdego z plików przechowywanych na dysku serwera. Domyślną wartością jest 30 wersji.
Folder danych tymczasowych określa katalog, do którego kopiowany jest każdy plik przed wysyłką na dysk serwera. W przypadku backupu z użyciem opcji Volume Shadow Copy, pliki nie będą kopiowane do tego katalogu.
Opcja Zmień klucz szyfrujący przekierowuje użytkownika do kreatora konfiguracji, gdzie ma on możliwość wybrać nowy klucz szyfrujący.
Opcja Przełącz użytkownika powoduje wylogowanie bieżącego użytkownika z aplikacji i wyświetlenie okna logowania, natomiast przycisk Ustawienia proxy powoduje wyświetlenie okna, w którym można wprowadzić ustawienia proxy. Proces łączenia się z dyskiem serwera za pośrednictwem serwera proxy został dokładnie opisany w rozdziale Logowanie do aplikacji.